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整理番号 5512   (公開日 2010年08月09日) (カテゴリ バイオテクノロジー
次世代シークエンサーを用いたゲノム、トランスクリプトーム解析と関連技術開発
●内容 2005年、ロッシュ社が「454(GS20)」を、2006年にイルミナ社が「ソレクサ(Genome Analyzer)」、2007年にはABI社が「ソリッド」を、次々と発売した。さらにいくつかのメーカーが同様のいわゆる「次世代シークエンサー」を発売する予定であるという。それぞれが工夫をこらした独自の原理に基づいているものの、これらのいわゆる次世代シークエンサーに共通するのは、一回の測定で数百万〜数千万本と、以前では考えられなかった数のシークエンスを決定することができる点である。そのかわりに、解読できる個々のシークエンスの長さは極端に短い。従来のシークエンサーが500塩基以上解読できたのに対し、454での2〜300塩基を例外として他の機種ではせいぜい30塩基程度。これではいくら大量に解読しても、ヒトゲノムのように長大な配列を再構成することはできない。では、その短い配列を使って何をするのか。最近この研究室で開始したトランスクリプトーム解析への次世代シークエンサーの応用を試みている。
・完全長cDNAの5’端すなわち転写開始点情報(TSS-tag)の大規模収集
・転写因子結合部位の網羅的同定(ChIP-Seq)
・完全長cDNAクローン資源の全長配列のショットガンシークエンシング
・Bisulfite SequencingによるゲノムDNAメチル化パターンの解析
また、これらの手法により飛躍的に拡大された実験データから新たに見出されつつある、ヒトトランスクリプトームの情報解析について技術開発を試みたい。
ヒトトランスクリプトームの情報解析について技術開発の研究に関心をもつ企業との共同研究を希望している。
●研究者
准教授 鈴木 穣
大学院新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻
●画像


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次世代シークエンサー「イルミナGAIIx」
(C) 鈴木 穣
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上記内容は、各研究者へのインタビューをもとに東京大学 産学協創推進本部で骨子をまとめたものです。
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