新着情報 テーマカテゴリ 全カテゴリバイオテクノロジー医学・薬学農林水産・食品環境・エネルギー素材機械情報・通信エレクトロニクス航空・宇宙大気・海洋経済・経営・政策・法律土木・建築社会・文化・教育基礎科学 ごあいさつ ご利用にあたり 検索方法 プライバシーポリシー ご意見・ご質問 実例集 見つからない場合は? DUCRホームページへ トップページ geta_logo
print
印刷時に縮小されてしまう場合などにご利用ください。

整理番号 6983   (公開日 2015年08月03日) (カテゴリ バイオテクノロジー医学・薬学農林水産・食品情報・通信
ヒトゲノム解析センタースーパーコンピュータの民間利用サービス
●内容 ヒトゲノム解析センター (HGC) のスーパーコンピュータシステム SHIROKANE は、ライフサイエンスに特化した我が国最大規模のスパコンシステムである。 SHIROKANE は、ゲノム研究等を通じてライフサイエンス分野の振興を促進し、国民の健康医療の向上および教育に供することを目的として、学術機関だけでなく民間企業の利用が可能である。
HGC のサービスは、単に計算資源を提供するホスティングサービスにはない、次のようなメリットがある。
◆購入するよりも安い価格で膨大な計算機資源を利用できる(最大利用コースでは 9,968 CPU コア、ディスク 128 TB。オプションでさらに追加可能)。
◆スパコンならではの高速な共有ディスク (Lustre ファイルシステム) を備え、一般的サーバよりも楽に、同時に高速なファイルアクセスができる。
◆GenBank、RefSeq、UniProt 等の公共データベースのデータをミラーしており、各種のデータが近くにある。
◆ゲノム配列解析をはじめとするバイオインフォマティクス分野で汎用されているソフトウェアがインストールされている。もしインストールされていなければ、申請により追加イントールがなされ、ユーザがインストールを行う必要はない。
◆計算だけでなく、計算結果を Web サービスとして発表できる。
◆経験豊富なサポート要員が専門性の高いリクエストに答える体制がある。
利用の開始にあたっては、新規利用申請を提出する。審査の後、アカウントが発行される。
利用申請・資格: https://supcom.hgc.jp/japanese/pay_service.html
ヒトゲノム解析センタースパコンサポート係: support@hgc.jp
●研究者
教授 宮野 悟
医科学研究所 附属ヒトゲノム解析センター
教授 中井 謙太
医科学研究所 附属ヒトゲノム解析センター
大学院情報学環 先端表現情報学コース
教授 井元 清哉
医科学研究所 ヘルスインテリジェンスセンター
准教授 渋谷 哲朗
医科学研究所 附属ヒトゲノム解析センター
准教授 山口 類
医科学研究所 附属ヒトゲノム解析センター
助教 白石 友一
医科学研究所 附属ヒトゲノム解析センター
助教 新井田 厚司
医科学研究所 ヘルスインテリジェンスセンター
●画像


クリックで拡大

ヒトゲノム解析センタースーパーコンピュータシステム Shirokane3 の全体像
計算ノード Thin: 24 CPU コア 128 GB のメモリを搭載した Shirokane3 で最大の計算ノード群。一部にアクセラレータ Xeon Phi 7120P を搭載している。
計算ノード Fat: 1 ノードあたり 2TB のメモリに 1.6 TB の内蔵フラッシュメモリディスクを搭載した計算ノード群。
ホームディスク: 12 PiB を有する高速・大容量な共有ディスク領域。
アーカイブディスク: 最大 100 PB のデータ保存に適した階層化ストレージ。
(C) 株式会社 日立製作所

ヒトゲノム解析センタースーパーコンピュータシステム Shirokane3 にインストールされているソフトウェア (一部)
これまでの運用でインストールされたソフトウェアを継承している。このリストからどのようなことに使われてきているのか想像できるのではないだろうか。
(C) なし
mail
上記内容は、各研究者へのインタビューをもとに東京大学 産学協創推進本部で骨子をまとめたものです。
本件に関する共同研究等のお問い合わせは、左のバナーをクリックしてください。スタッフがお問い合わせをお受けいたします。